Organizarea şi funcţionarea Agenţiei Naţionale pentru Pescuit şi Acvacultură(ANPA), autoritatea de management a Programului Operaţional în domeniul pescuitului şi acvaculturii, a fost reglementatăprin Hotărâre de Guvern

Potrivit noilor regkementări, Agenţia Naţională pentru Pescuit şi Acvacultură are funcţii de elaborare şi implementare a strategiei naţionale şi a reglementărilor privind organizarea şi administrarea sectorului pescăresc, protejarea şi exploatarea resurselor acvatice vii, acvacultura, procesarea şi piaţa produselor pescăreşti; de autoritate de management a Programului Operaţional pentru Pescuit; de control şi inspecţie.
În domeniul administrării şi exploatării resurselor acvatice vii, ANPA are atribuţii precum stabilirea de măsuri de administrare a pescuitului, astfel încât să se obţină o mai bună raţionalizare a efortului de pescuit; elaborarea reglementărilor privind accesul la resursele acvatice vii, în vederea practicării pescuitului comercial, precum şi a reglementărilor privind pescuitul recreativ/sportiv; elaborarea de norme privind caracteristicile tehnice şi condiţiile de folosire ale uneltelor de pescuit, precum şi metodele de pescuit comercial în apele maritime interioare şi în apele continentale, în scopul realizării unui pescuit durabil; adoptarea de măsuri pentru integrarea activităţilor de valorificare a resurselor acvatice vii din ariile naturale protejate, în planurile de management ale ariilor respective adoptă măsuri de protecţie şi regenerare a resurselor acvatice vii, prin stabilirea anuală a TAC-lui şi a cotelor de pescuit, a perioadelor de prohibiţie, a zonelor protejate şi a zonelor de cruţare, precum şi a măsurilor preventive; propunerea de măsuri privind exercitarea pescuitului speciilor protejate în vederea emiterii unor reglementări specifice; sprijinirea şi participarea la acţiuni de populare a apelor din domeniul public al statului, precum şi la acţiuni pentru salvarea resurselor acvatice vii aflate în pericol; dispune distribuirea drepturilor de pescuit între navele sau grupuri de nave care activează într-o zonă de pescuit; monitorizarea activităţii de pescuit; organizarea şi actualizarea Fişierul navelor şi ambarcaţiunilor de pescuit şi eliberarea licenţelor de construcţie a navelor de pescuit.
În domeniul acvaculturii, ANPA stabileşte măsuri pentru valorificarea superioară a potenţialului genetic prin acvacultura unor specii valoroase; creşterea calităţii produselor din acvacultură şi asigurarea sănătăţii publice; asigurarea producţiei din acvacultură pentru cazuri de forţă majoră; asigurarea sănătăţii şi bunăstării animale; modernizarea tehnologiilor de reproducere şi creştere a speciilor de peşti şi alte vieţuitoare acvatice corelate cu normele de protecţie a mediului; folosirea corespun-zătoare a amenajărilor piscicole.
ANPA încurajează aplicarea tehnologiilor de reproducere şi creştere pentru specii cu valoare economică ridicată, promovarea produselor pescăreşti organice, precum şi construirea de amenajări şi instalaţii moderne şi eficiente pentru practicarea acvaculturii marine şi continentale, în condiţiile asigurării sănătăţii şi bunăstării animale.
De asemenea, ANPA sprijină dezvoltarea acvaculturii în zonele dependente de pescuit şi organizează, actualizează Registrul unităţilor de producţie din acvacultură şi emite licenţele de acvacultură.
În domeniul organizării pieţei produselor pescăreşti ANPA adoptă măsuri de sprijinire a organiza-ţiilor de producători şi a altor forme asociative şi stabileşte criterii de recunoaştere şi de retragere a recunoaşterii organizaţiilor de producători din sectorul pescăresc.
ANPA asigură conducerea Comitetului de Monitorizare pentru Programul Operaţional pentru Pescuit şi are următoarele atribuţii în domeniul implementării acestui program: elaborarea strategiei naţionale sectoriale şi a Programului Operaţional pentru Pescuit, cu indicarea priorităţilor şi a contribuţiilor financiare ale Fondului European pentru Pescuit şi a altor resurse financiare; realizarea implementării tehnice a măsurilor; asigurarea informării beneficiarilor, promovării şi publicităţii.